El magistrado dictó 16 medidas para mejor resolver antes de la sentencia, entre ellas, ordenó a la PDI investigar las facultades y obligaciones del director del Hospital Clínico de la UC, a partir de 2000, periodo en que estaba a cargo el actual subsecretario de Salud, fuertemente cuestionado por la familia del asesinado mandatario, por su complicidad al ocultar información acerca de la ilegal autopsia que intentó borrar evidencias del envenenamiento. 

lo anterior también coincide con la resolución del Tribunal Constitucional (TC), que debe pronunciarse sobre la admisibilidad del requerimiento de inaplicabilidad interpuesto en la investigación por la muerte del ex Presidente Eduardo Frei Montalva por uno de los acusados, e igualmente determinará si se paralizará la causa. Antes de la señalada resolución que puede afectar el curso de la investigación, el ministro Alejandro Madrid decretó una serie de diligencias como medidas para mejor resolver.

Seis son los acusados hasta ahora por el homicidio del ex Presidente de la República, entre ellos, el médico Pedro Valdivia Soto -quien prestó servicios para la DINA y la CNI y que está acusado de cómplice-, cuya defensa recurrió al TC por "falta de imparcialidad" del juez para dictar una sentencia, ya que realizó la investigación y el plenario.
Como se recordará, el procedimiento corresponde al proceso penal antiguo, en que el juez era sustanciador y resolvía en primera instancia. Es decir, investigaba y sancionaba si procedía. El procedimiento consta de un priodo denominado "sumario", en el que se investiga y otro llamado "plenario" en el cual se acusa y sanciona, si procede.
Otras diligencias apuntan a tomar declaraciones a personas que habrían tenido acceso a información acerca de la salud y procedimientos aplicados al exmandatario, entre ellos los médicos Alejandro Goic Goic -que fue parte del equipo médico del ex Mandatario-, y el doctor Augusto Larraín Orrego, quien fuera el primer doctor que operó a Frei Montalva en la Clínica Santa María.

Dada la naturaleza de las diligencias ordenadas, ellas están dirigidas a determinar si existió o no una reunión sostenida por el médico Helmar Rosenberg con otros profesionales que atendieron a Frei. Al efecto, se ordenó a la PDI "individualizar quiénes fueron los asistentes a la referida reunión, qué se trató en ella y a qué conclusión se llegó con respecto al resultado de los exámenes practicados por el Departamento de Anatomía Patológica de la Pontificia Universidad Católica. Además, se deberá precisar si se informó a la familia del ex Mandatario acerca de la misma. En caso afirmativo, a quiénes se informó y, en el evento negativo, por qué razón no se le comunicó a la familia lo tratado en ella".

Lo que complica a Luis Castillo, el cuestionado subsecretario, es la orden impartida por Madrid a la PDI "con el objeto de precisar las facultades y obligaciones del director del Hospital Clínico de la Pontificia Universidad Católica, precisando que ellas se deben referir a aquellas existentes a partir del año 2000. Asimismo, se indicará quién desempeñaba dichas funciones entre los años 2000 y 2003".

El actual subsecretario de Redes Asistenciales, Luis Castillo, fue director del Hospital Clínico de la Universidad Católica desde 1996 a octubre de 2000, fecha en la que asume como director de la Red Salud UC. En esa condición ordenó no entregar antecedentes a la prensa y tampoco comunicó a la familia la existencia del protocolo de autopsia y de los restos del exmandatario que aún se escondían en ese hospital.